Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes "Muchun" - Mauggen, im Jahre 1053 findet sich in einer überlieferten Übergabe eines Gutes zu Mauggen durch seinen Besitzer Graf Piligrim bzw. seines Lehensmannes Rudolf, an den Altar der hl. Maria im Dom zu Freising. Das Gut sollte dort dem ewigen Seelenheil des Stifters und seiner Brüder dienen.

In der zweiten urkundlichen Erwähnung des Ortes 1123, werden wieder einige Güter, gelegen zu Mauggen und zu Tankham, an das Domkapitel zu Freising gestiftet. Von den Drangsalen und Nöten der Laufe der Geschichte blieb auch die Ortschaft Mauggen nicht verschont, die in der 2003 erschienenen Ortschronik niedergeschrieben sind.

Reizvoller Mittelpunkt des Ortes ist die 1904 erbaute Kapelle.